Le microbiote intestinal, c’est-à-dire l’ensemble des micro-organismes qui peuplent nos intestins, est aujourd’hui au cœur de la recherche biomédicale. Considéré comme un organe à part entière, son rôle dans notre santé, de la digestion à l’immunité, est essentiel. Son implication est de mieux en mieux connue et les chercheurs tentent aujourd’hui de comprendre les liens entre ses déséquilibres et certaines pathologies, en particulier les maladies auto-immunes et inflammatoires.
QU’EST-CE QUE L’ANALYSE DU MICROBIOTE ?
L’analyse de votre microbiote est un examen hautement spécialisé, s’appuyant sur des techniques génomiques avancées, telles que le séquençage à haut débit (NGS) – une technique qui permet de lire des millions de fragments d’ADN très rapidement afin d’y identifier des variations. Réalisée sur un échantillon de selles, cette analyse a pour objectif de fournir une compréhension approfondie de cet écosystème complexe qu’est le microbiote intestinal.
Plus précisément, cette technique permet d’établir une “carte d’identité” bactérienne détaillée, identifiant et quantifiant des millions de bactéries du tube digestif pour comprendre la structure du microbiote. L’analyse évalue également la diversité (nombre d’espèces) et l’équilibre (proportions relatives) de cet écosystème, des indicateurs clés de la santé intestinale. Ces données sont comparées à des cohortes de référence de populations saines afin d’identifier toute déviation.
L’objectif principal de cette analyse est de mettre en évidence une dysbiose, c’est-à-dire un déséquilibre dans la composition et la fonction du microbiote. Une dysbiose peut se manifester par une perte de diversité bactérienne, une prédominance de certaines espèces potentiellement nocives, ou un déséquilibre des fonctions métaboliques du microbiote.
Ce déséquilibre est fréquemment observé et souvent corrélé à diverses pathologies, notamment :
- Les troubles digestifs fonctionnels : comme le syndrome de l’intestin irritable (SII) où l’inflammation et l’altération de la barrière intestinale sont souvent liées à une dysbiose.
- Les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI) telles que la maladie de Crohn, la rectocolite hémorragique..
- Les maladies métaboliques : telles que l’obésité, le diabète de type 2, où le microbiote peut impacter le métabolisme des aliments et la régulation de la glycémie.
- Certaines pathologies neurologiques et psychiatriques : le concept d’axe intestin-cerveau met en lumière l’influence du microbiote sur la santé mentale et les fonctions cognitives, avec un impact potentiel sur la dépression, l’anxiété ou même certaines maladies neurodégénératives.
En fournissant une image précise de votre microbiote, cette analyse permet aux médecins et biologistes médicaux d’adapter des stratégies d’intervention personnalisées, qu’il s’agisse de recommandations diététiques, de l’utilisation de probiotiques ou prébiotiques, ou d’autres approches visant à restaurer un équilibre microbien optimal pour améliorer votre santé globale.
UN EXAMEN À LA CROISÉE DES CHEMINS : RECHERCHE ET CLINIQUE
Il est crucial de comprendre la position actuelle de cet examen dans le système de santé français.
À ce jour, la grande majorité des analyses de profilage du microbiote intestinal ne sont pas considérées comme des outils de diagnostic de routine pour la médecine conventionnelle.
- Pas de recommandation de dépistage : Les autorités de santé, se basant sur la littérature scientifique, estiment qu’il manque encore des preuves standardisées pour définir un profil de microbiote “malade” ou “sain” applicable au diagnostic de la plupart des affections (obésité, dépression…).
- La question de la causalité : Dans de nombreux cas, nous ne savons pas encore si la dysbiose est la cause initiale de la maladie ou une conséquence des perturbations liées à l’état de santé ou aux traitements.
La seule indication validée et encadrée pour le microbiote est l’utilisation de la Transplantation de Microbiote Fécal (TMF), réservée au traitement des infections récidivantes à Clostridioides difficile.
Pour cette raison, l’analyse du profilage complet du microbiote relève des examens hors nomenclature (HN).
- Non remboursé : Ces tests ne sont pas pris en charge par l’Assurance Maladie. Ils sont proposés dans le cadre d’une démarche de biologie fonctionnelle et personnalisée.
Outil d’information : Ces résultats, prescrits et interprétés par votre médecin (gastro-entérologue, nutritionniste…), peuvent être une aide précieuse pour personnaliser les conseils hygiéno-diététiques (alimentation, prébiotiques, probiotiques) visant à restaurer un meilleur équilibre de votre écosystème.
NOS CONSEILS EN LABORATOIRE :
- Dialogue avec votre médecin : L’analyse du microbiote doit toujours être prescrite et replacée dans le contexte de vos symptômes et de vos antécédents personnels et familiaux. C’est votre médecin qui en tirera les conclusions cliniques et les mesures à prendre.
- Conscience des limites : ne considérez pas cette analyse comme un diagnostic définitif pour une maladie chronique, mais plutôt comme une fenêtre ouverte sur votre corps, vous donnant des pistes pour l’améliorer.
N’hésitez pas à solliciter nos biologistes en laboratoire. Nous sommes là pour répondre à toutes vos questions concernant la réalisation et le cadre d’interprétation de ces analyses spécialisées.