La recherche d’IST peut être réalisée sur le premier jet d’urine ou sur un prélèvement génital. Chez la femme, le prélèvement vaginal est à privilégier. Mais la présence d’hémoglobine peut interférer avec la technique PCR, il est donc préférable, en période de menstruation, de reporter le prélèvement vaginal pour une recherche d’IST.